Couper les oignons en 2, puis les couper en fines rondelles. Les faire suer dans un peu d'huile d'olive jusqu'à ce qu'ils soient translucides et tendres.
Ajouter le sucre et le vinaigre balsamique et laisser caraméliser jusqu'à ce que les oignons soient bien bruns. Surveiller la cuisson à feu doux et tourner de temps en temps durant environ 10 minutes.
Ajouter la muscade, le thym. Assaisonner de sel.
Poursuivre la cuisson à feu très doux en tournant de temps en temps jusqu'à ce qu'il n'y ait plus de liquide (environ 35 à 45 min).
Mettre au frigo pour déguster assez vite, soit tant qu'ils sont chauds les mettre dans des pots (ex : pots à confiture) et laisser refroidir 24h sans y toucher. Ainsi conservé le confit se garde plusieurs mois.